Kontrola celno-skarbowa zakwestionowała rozliczenia VAT z podwykonawcami. Zebraliśmy dokumentację uzupełniającą i wykazaliśmy rzeczywisty przebieg transakcji. Postępowanie zakończyło się bez decyzji wymiarowej.
Przed zapowiedzianą kontrolą odzyskaliśmy duplikaty kilkudziesięciu brakujących faktur kosztowych, skorygowaliśmy deklaracje i złożyliśmy czynny żal. Firma uniknęła odpowiedzialności karnej skarbowej.
Urząd zamierzał oszacować dochód z powodu braków w ewidencji magazynowej. Wykazaliśmy rzetelność ksiąg dowodami wewnętrznymi i zeznaniami pracowników, a organ odstąpił od szacowania.
Kontrola skarbowa to potoczne określenie dwóch procedur. Pierwsza to kontrola podatkowa, którą prowadzi naczelnik urzędu skarbowego na podstawie Ordynacji podatkowej. Druga to kontrola celno-skarbowa, prowadzona przez naczelnika urzędu celno-skarbowego w sprawach o większym ciężarze gatunkowym, na przykład przy podejrzeniu wyłudzeń VAT. Procedury różnią się uprawnieniami organu, terminami i drogą odwoławczą, dlatego pierwszym krokiem jest zawsze ustalenie, z którą z nich masz do czynienia.
Co do zasady tak. Urząd doręcza zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli, a czynności mogą rozpocząć się najwcześniej po 7 dniach i najpóźniej 30 dni od doręczenia. Ten czas warto wykorzystać na uporządkowanie dokumentów i konsultację z doradcą. Są jednak wyjątki: kontrola dotycząca zwrotu VAT lub niezgłoszonej działalności może rozpocząć się bez zapowiedzi, podobnie jak kontrola celno-skarbowa, która startuje z chwilą doręczenia upoważnienia.
Zacznij od przeglądu dokumentacji za okres wskazany w zawiadomieniu: faktury, księgi, umowy, potwierdzenia płatności. Braki uzupełnij duplikatami od kontrahentów, a wykryte błędy skoryguj, zanim zrobi to urząd. Wyznacz w firmie jedną osobę do kontaktu z kontrolującymi i rozważ ustanowienie pełnomocnika. Najlepsze efekty daje audyt przedkontrolny, podczas którego doradca podatkowy sprawdza rozliczenia dokładnie tak, jak zrobi to organ. Listę błędów, które urząd znajduje najczęściej, zebraliśmy we wpisie 7 najczęstszych błędów w księgach, które wykrywa kontrola skarbowa.
Brak faktur to jedno z najczęstszych źródeł problemów podczas kontroli. Wydatek bez dokumentu zostaje wykreślony z kosztów, a odliczony od niego VAT trzeba zwrócić z odsetkami. Przy większych brakach urząd może uznać księgi za nierzetelne i oszacować dochód firmy. Do tego dochodzi odpowiedzialność karna skarbowa. Większość braków da się jednak naprawić przed kontrolą, między innymi duplikatami faktur i korektą deklaracji. Więcej praktyki znajdziesz w artykule Bałagan w fakturach a kontrola skarbowa 2026.
Kary za brak dokumentacji księgowej w 2026 roku zależą od skali uchybień. Nieprowadzenie ksiąg lub ich nierzetelne prowadzenie to przestępstwo skarbowe zagrożone grzywną do 240 stawek dziennych. Wadliwe prowadzenie ksiąg stanowi wykroczenie skarbowe, za które grzywna może sięgnąć blisko 100 tysięcy złotych, a mandat karny wynieść ponad 24 tysiące złotych. Kwoty rosną co roku wraz z minimalnym wynagrodzeniem, dlatego zaniedbania stają się coraz bardziej kosztowne.
W 2026 roku fiskus wybiera firmy do kontroli na podstawie automatycznej analizy danych. Administracja skarbowa porównuje pliki JPK, dane z KSeF i informacje z rachunków bankowych, a do kontroli typuje podmioty, u których algorytmy wykryły rozbieżności. W praktyce kontroli jest mniej, ale są znacznie celniejsze i lepiej przygotowane. Przedsiębiorca, który dba o spójność ewidencji z deklaracjami, wyraźnie zmniejsza ryzyko wizyty urzędu.
Wraz z obowiązkowym KSeF urząd skarbowy widzi faktury w czasie rzeczywistym, bez wzywania firmy do ich przedstawienia. System porównuje dane z faktur z plikami JPK i deklaracjami, a rozbieżności od razu trafiają do analizy. Do 31 grudnia 2026 roku obowiązuje okres przejściowy bez kar za błędy związane z KSeF. Warto wykorzystać go na spokojne wdrożenie systemu i przegląd procedur fakturowania w firmie.
Doradca podatkowy działa jako pełnomocnik przedsiębiorcy przez cały czas trwania kontroli. Analizuje zakres upoważnienia, przygotowuje dokumenty i wyjaśnienia, uczestniczy w przesłuchaniach, odpowiada na wezwania i pilnuje, aby organ nie wykraczał poza granice prawa. Po zakończeniu czynności przygotowuje zastrzeżenia do protokołu, a w razie potrzeby prowadzi spór aż do sądu administracyjnego. Przedsiębiorca zyskuje czas i pewność, że żaden termin nie zostanie przekroczony. Przykład wygranej sprawy opisujemy w case study sporu przy transakcji za ponad 3 mln zł.
Łączny czas trwania kontroli u przedsiębiorcy jest limitowany. W jednym roku kalendarzowym nie może przekroczyć 12 dni roboczych w mikrofirmie, 18 dni w małej firmie, 24 dni w średniej i 48 dni w pozostałych. Kontrola celno-skarbowa powinna zakończyć się w ciągu 3 miesięcy, choć w praktyce bywa przedłużana. Naruszenie limitów można skutecznie kwestionować, dlatego warto dokumentować przebieg czynności od pierwszego dnia.
Od doręczenia protokołu masz 14 dni na złożenie zastrzeżeń wraz z dowodami. To kluczowy moment całej procedury, ponieważ dobrze uzasadnione zastrzeżenia często kończą sprawę bez postępowania podatkowego. Możesz też skorygować deklaracje zgodnie z ustaleniami kontroli i zamknąć temat. Jeżeli urząd mimo to wyda decyzję, przysługuje Ci odwołanie, a następnie skarga do wojewódzkiego sądu administracyjnego. Na każdym z tych etapów reprezentujemy naszych klientów.
Estoński CIT a wynagrodzenie wspólnika: jak wypłacać pieniądze ze spółki bez ryzyka ukrytych zysków w 2026 r.
Kto odpowiada za błędy w księgach spółki? [2026]
7 najczęstszych błędów w księgach, które wykrywa kontrola skarbowa